Dopo due anni in Brasile e una breve parentesi in Svizzera, Matuzalém arriva in Italia, dove si fa conoscere per la sua disciplina tattica. Acquistato dal Parma, viene subito girato in comproprietà al Napoli, contribuendo alla promozione in Serie A nel 2000. Dopo una stagione al Piacenza, dove esordisce come primo calciatore straniero nella storia del club, approda al Brescia per due stagioni, sotto la guida di Carlo Mazzone.
Nel 2004 viene ceduto per 14 milioni di euro allo Šachtar Donec’k, in Ucraina, dove conquista due campionati e veste anche la fascia di capitano. Nel 2007 passa al Real Saragozza, ma a causa di un infortunio colleziona poche presenze e non riesce a evitare la retrocessione della squadra. In questo periodo, un contenzioso legale con lo Šachtar riguardo al suo trasferimento lo condanna, insieme al club spagnolo, a pagare circa 12 milioni di euro alla squadra ucraina.
Nel 2008 torna in Italia alla Lazio. Sebbene il suo rendimento sia condizionato da problemi fisici, vince la Supercoppa italiana nel 2009. Nel 2013, dopo essere stato messo fuori rosa, viene ceduto in prestito al Genoa, che lo riscatta a fine stagione.
Nel 2014 si trasferisce al Bologna, in Serie B, diventando uno dei protagonisti della promozione in Serie A e rivestendo il ruolo di capitano. Successivamente, ha brevi esperienze all’Hellas Verona e al Miami FC, prima di chiudere la sua carriera in Serie D con il Monterosi. Dopo il ritiro, ottiene la qualifica UEFA A, iniziando il suo percorso da allenatore.
