Nuova Avventura per Gaetano Auteri, lo special one di Floridia siedera’ sulla panchina del Catanzaro:
Ha iniziato la carriera di allenatore come preparatore dei portieri dell’Atletico Catania, in quanto non dotato di patentino di primo allenatore.
Nel gennaio del 1995 inizia a guidare il Ragusa, ottenendo un settimo posto in Serie D. Confermato per la stagione successiva, viene esonerato a campionato in corso.
Dal 1998 al 2001 guida l’Igea Virtus prima in Serie D e poi, ottenuta la promozione dopo la vittoria del campionato 1999-2000, in Serie C2, dove ottiene un sesto posto.
Segue un’annata alla guida dell’Avellino. La stagione successiva allena il Crotone, in Serie C1, venendo esonerato dopo la sconfitta col Paternò e gli subentra il tecnico Luigi De Rosa. Dopo cinque partite viene richiamato e conclude la stagione al sesto posto. Nella stagione 2003-2004 allena il Martina.
Dopo la stagione 2004-2005 fra i dilettanti con il Siracusa, dal 2005 al 2007 è l’allenatore del Gallipoli: alla prima stagione vince il campionato di Serie C2 vincendo molte partite con molti gol all’attivo e determinando prestazioni notevoli a livello nazionale. In quello stesso anno si aggiudica la Coppa Italia Serie C, battendo in finale la Sanremese.
Seguono due anni al Siracusa ed uno al Catanzaro.
Nel 2010 approda alla Nocerina in Lega Pro Prima Divisione, dove ottiene la promozione diretta in Serie B grazie ad una stagione con 21 vittorie in 34 gare ed un +8 in media inglese. Il 26 maggio 2011 vince la Supercoppa di Lega Pro Prima Divisione battendo 1-0 il Gubbio al San Francesco dopo l’1-1 dell’andata.
Debutta nella serie cadetta ma il 7 gennaio 2012, in seguito alla sconfitta casalinga contro il Pescara per 2-4, con la squadra al penultimo posto a 16 punti dopo il termine del girone d’andata, viene sollevato dall’incarico.Il 23 gennaio seguente viene richiamato alla guida del club dopo la rescissione consensuale con Salvatore Campilongo, colui che lo sostituì pochi giorni prima.[10][11] A fine stagione la squadra retrocede in Lega Pro e viene riconfermato in panchina. Dopo una pesante sconfitta per 1-4 contro la Paganese sul campo neutro di Chieti, Auteri rassegna le dimissioni respinte poi dal Patron della Nocerina Christian Citarella.[12] Auteri conquista i play-off concludendo il campionato in quarta posizione, venendo poi sconfitto dal Latina in virtù del miglior piazzamento ottenuto in campionato dai pontini.
Il 24 giugno 2013 diventa l’allenatore del Latina, neopromosso in Serie B. Il 10 settembre 2013, dopo aver perso in casa col Varese (0-3), viene esonerato dopo tre giornate di campionato in cui ha raccolto un pari e due sconfitte.
Nella stagione 2014-2015 è alla guida del Matera, con cui raggiunge la semifinale play-off persa ai rigori contro il Como
Il 7 giugno 2015 rinnova con il club lucano, ma dopo neanche un mese lascia l’incarico[17] e pochi giorni dopo diventa il nuovo allenatore del Benevento, con cui vince il campionato, portando la squadra campana, per la prima volta nella sua storia, in Serie B. Il 14 giugno 2016 rescinde, un anno prima della scadenza, il contratto che lo legava alla società sannita.