Il film è ambientato in un mondo in cui supereroi e supercattivi sono comuni e segue Will Stronghold, figlio dei due più grandi eroi del mondo, Commander (Steve Stronghold) e Jetstream (Josie Stronghold). Nonostante le aspettative, Will inizia il suo primo giorno alla Sky High, una scuola superiore fluttuante per ragazzi dotati di poteri, senza averne ancora manifestato nessuno.
Allo smistamento, Will e i suoi amici, inclusa la sua migliore amica Layla Forn (che può controllare le piante), vengono assegnati alla classe delle “Spalle” (supporto eroe), guidata dall’ex-spalla Mr. Boy, mentre gli “Eroi” sono formati dal Coach Boomer (Sonic Boom). Will nasconde la verità ai suoi famosi genitori.
Dopo un litigio con Warren Peace, figlio di un supercattivo e capace di generare fuoco, Will scopre finalmente di aver ereditato la super-forza del padre. Viene subito trasferito nella classe degli Eroi e si fidanza con la popolare e tecnopatica Gwen Greyson. Tuttavia, il suo successo lo allontana dai suoi vecchi amici.
Un misterioso personaggio spia gli Stronghold con l’obiettivo di rubare il Biberon, un’arma capace di trasformare le persone in neonati. Durante una festa a casa sua, Will rompe con Gwen dopo averla vista umiliare Layla.
La sera del ballo scolastico, Will scopre che Gwen è in realtà Royal Pain (Dolore Reale), un vecchio nemico di Commander che era stato trasformato in neonato dal Biberon anni prima ed era tornato alla Sky High per vendicarsi. Royal Pain usa il Biberon per trasformare Commander, Jetstream, e tutti gli studenti e professori in neonati, ad eccezione di Will e i suoi vecchi amici (Layla, Warren, Zach, Magenta ed Ethan) che riescono a scappare.
Affrontando Royal Pain, Will scopre di aver ereditato anche il potere di volare della madre, e con i suoi amici sconfigge Royal Pain e i suoi scagnozzi, salvando la scuola dal precipitare. Tutto torna alla normalità, gli amici di Will vengono riconosciuti come Eroi, e Will e Layla si fidanzano.
