Last Exile è ambientato sul pianeta Priester, dove esistono due nazioni in perenne guerra fra loro: Anatore e Disith. Entrambe le nazioni dipendono da una terza fazione neutrale, la Gilda, che fornisce ad ambo le parti la tecnologia necessaria per sopravvivere. infatti l'unico modo per spostarsi è affidato a navi di varia dimensione e forma.
Claus e Lavi sono due ragazzi orfani che vivono nella nazione di Anatore e vivono facendo i corrieri usando le Vanship, veicoli biposto retro futuribili. Per caso i due si trovano costretti a scortare una bambina, Alvis, sulla misteriosa nave da Guerra "Silvana". Questo li porterà a vivere un'avventura che coinvolge tutte è tre le fazioni
Luna, anno 5058. Il giovane Viscont Albert de Morcerf e il suo amico Franz d'Epifany festeggiano il Carnevale quando si imbattono nel misterioso Conte di Montecristo. Uomo enigmatico ma incredibilmente ricco. Infatti lui e i suoi uomini salvano Albert da un rapimento.
Per ringraziarlo, Albert promette si introdurre il Conte di Montecristo nell'alta società terrestre. Ma il Conte nasconde un segreto. Anni prima tre suoi amici l'avevano crudelmente tradito per sottrargli ricchezza, potere e fidanzata. Di conseguenza è deciso a sfruttare il giovane per la sua vendetta.